舟曲县位于甘肃南部，甘南藏族自治州东南部，介于东经103°51′30″—104°45′30″，北纬33°13′—34°1′。东邻陇南市，北接宕昌县，西南与迭部县、文县和四川省九寨沟县接壤。海拔高度在1173米—4504米之间，东西长99.4公里，南北宽88.8公里。总土地面积3009.98平方公里，折合451.48万亩。

舟曲县地处南秦岭山地，岷山山系呈东南—西北走向贯穿全境。地势西北高，东南低。白龙江谷地海拔较低，其高度在1200米左右，南北两侧的山地高峰可达4000米以上，中部的大草坡、葱花坡、吊草坡一带，山势较缓，海拔在3000米左右。县境内山峦重叠，沟壑纵横，地形复杂，是典型的高山峡谷区。山高、谷深、石头多、坡陡、土薄、水流急，荒山荒坡水土流失、泥石流、滑坡严重是舟曲的自然现状。